ההתיישבות באתר החלה לפני כ-3700 שנה. במקום הייתה תחנה לסחר ימי, שנסחרו בה מוצרים ממצרים ומקפריסין. במאה העשירית לפסה"נ שימש האתר תחנת סחר כחלק מהתיישבות פיניקית, ונתגלו בו חדרי פולחן בסגנון פיניקי. באתר התקיים יישוב קטן גם במאה השמינית לפסה"נ.
בתקופה הפרסית חודש היישוב בקנה מידה נרחב, עדות לחשיבותו של אזור השרון לצבא הפרסי. זוהו שכבות הרס - תוצאה של ממאבקים על השליטה בחוף, שהשתתפו בהם צבאות פרס, מצרים, קפריסין, פיניקיה וערי פלשת. הגבעה הצפונית שימשה בתקופה הפרסית בית הקברות.
ההתיישבות נמשכה ברציפות גם בתקופה ההלניסטית, ונחשפו בה גת גדולה לתעשיית יין ומטמון עשיר של 47 מטבעות כסף של בית תלמי. מְצָד קטן הוקם במקום בימי החשמונאים, כנראה ביזמת אלכסנדר ינאי. בתקופה הרומית הוקמה מצודה גדולה.
למן שלהי התקופה הרומית, החליפה אפולוניה את תל מיכל כיישוב המרכזי באזור. בתל מיכל הוקם בתקופה האסלאמית הקדומה מגדל תצפית. בקרבת התל נמצאו קברים אחדים מהמאה ה-השלוש עשרה לסה"נ ומאז ניטש המקום.
הסביבה האקולוגית בתל מיכל מאופיינת בצמחים ובעלי חיים של רכס הכורכר החופי, בית גידול שהולך ונעלם בישראל עקב בניה בקרבת החוף ויש חשיבות רבה לשמור עליו.
הצומח הרב שנתי הטבעי השולט במקום הם שיחי רותם המדבר, מתנן שעיר, לענה חד זרעית, אטד החוף, שרביטן ריסני וכן בן השיח עכנאי שרוע. בסוף הקיץ פורחים במקום חצבים וחבצלות חוף, בחורף ובאביב שפע פרחים חד-שנתיים שביניהם גם האנדמיים למישור החוף, כגון סביון יפו ודרדר הקורים. בשטח נפוצים שני מיני צמחים פולשים - בן השיח טיונית החולות והעץ שיטה כחלחלה.
בסביבת התל מצויה בריכת חורף - המתמלאת במי הגשמים ומתייבשת לקראת הקיץ ובה מגוון של צמחים ובעלי חיים ייחודיים. מבין בעלי החיים המצויים בתל מיכל: יונקים - המכרסם מריון מצוי, דורבן מצוי, תן מצוי ושועל מצוי. דו-החיים - אילנית מצויה.
זוחלים - לטאת שנונית השפלה, חרדון מצוי וצב יבשה. ציפורים - כרוון מצוי, חוגלה שרקרק מצוי ועוד.
גת הלניסטית
בריכת חורף בתל מיכל